Akademi Keperawatan Pemerintah Daerah Kabupaten Kolaka didirikan oleh Pemerintah Kabupaten Kolaka tahun 2000 sebagai institusi pendidikan vokasi kesehatan yang bertujuan memenuhi kebutuhan tenaga perawat profesional, khususnya di Kabupaten Kolaka dan wilayah Sulawesi Tenggara. Selama berada di bawah pengelolaan Pemerintah Kabupaten Kolaka melalui Dinas Kesehatan, Akper Pemda Kolaka telah menghasilkan banyak lulusan Diploma III Keperawatan yang berkontribusi dalam pelayanan kesehatan di rumah sakit, puskesmas, maupun fasilitas kesehatan lainnya.

Perubahan tata kelola pendidikan tinggi terjadi setelah diberlakukannya Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah, yang mengatur bahwa penyelenggaraan pendidikan tinggi bukan lagi menjadi kewenangan pemerintah daerah, melainkan pemerintah pusat. Sebagai tindak lanjut kebijakan tersebut, Pemerintah Kabupaten Kolaka menyerahkan pengelolaan Akademi Keperawatan Pemda Kolaka kepada Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi untuk diintegrasikan ke dalam Universitas Sembilanbelas November Kolaka. Penyerahan tersebut dilakukan secara resmi oleh Bupati Kolaka pada tahun 2017.

Setelah proses pengalihan selesai, Akper Pemda Kabupaten Kolaka resmi bergabung sebagai Program Studi Diploma III Keperawatan di bawah Fakultas Sains dan Teknologi USN Kolaka tahun 2017. Integrasi ini menjadi bagian dari pengembangan USN Kolaka setelah berstatus sebagai perguruan tinggi negeri berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 22 Tahun 2014, sekaligus memperluas bidang keilmuan yang dikelola universitas, termasuk bidang kesehatan. Saat ini Program Studi D-III Keperawatan menjadi salah satu program vokasi di Fakultas Sains dan Teknologi yang berfokus pada penyelenggaraan pendidikan keperawatan, penelitian terapan, serta pengabdian kepada masyarakat untuk mendukung pembangunan kesehatan di Sulawesi Tenggara.